La gerbille sauvage est de couleur agouti. Cette couleur lui sert de camouflage mais elle joue également un rôle dans la thermorégulation. En effet, la couleur du dos se confond avec celle du sol, et le ventre blanc limite la réverbération des rayons du soleil sur le sol. Ainsi, une gerbille sauvage peut passer inaperçue aux prédateurs venant du ciel, mais elle est également protégée de la chaleur du sol.
Depuis sa domestication, la gerbille se décline en un grand nombre de couleurs. De nos jours, on compte près de cinquante couleurs différentes.